Príncipe Tamino tenta escapar de uma enorme serpente e é salvo por três damas de companhia da Rainha da Noite. Ao despertar do seu desmaio, encontra Papagueno, o passarinheiro da Rainha, que lhe afirma ter matado ele próprio a serpente. As damas da noite, depois de repreenderem Papagueno pela mentira, entregam a Tamino o retrato da princesa Pamina, filha da Rainha da Noite, que se encontra presa no Templo do Sacerdote da Sabedoria, o poderoso Zarastro.

A Rainha da Noite pede ao príncipe que a resgate e ele, perdido de amores pelo retrato, promete salvá-la e leva Papagueno consigo. Ela lhe dá a Flauta Mágica para protegê-lo e a Papagueno dá um carrilhão de sinos mágicos.
Ao chegar ao Templo, Tamino descobre que Zarastro é um sacerdote sábio e de caráter elevado, que tenta proteger Pamina da sua mãe, a Rainha das Trevas. Tamino decide dirigir-se a ele para resgatá-la.

Pamina, no Templo, está sendo perseguida pelo chefe dos exércitos de Zarastro, Monóstatos. Papagueno descobre o esconderijo e se torna amigo de Pamina. Ele conta a ela sobre o Príncipe e queixa-se da falta de ter alguém para amar. Pamina o consola e os dois tentam fugir.
Papagueno usa os sinos mágicos para fugir da perseguição de Monóstatos, mas encontram a comitiva de Zarastro. Pamina pede perdão e explica que estava sendo perseguida por Monóstatos. Zarastro a perdoa. Pamino chega ao Templo preso por Monóstatos. No encontro, Pamina também se apaixona pelo Príncipe e Tamino se propõe a tornar-se protetor do Templo, desde que tenha a mão de Pamina em recompensa. Zarastro concorda em submetê-lo às provas da Sabedoria.

A primeira prova é ter que permanecer em silêncio. Tamino recebe Pamina sem poder dar-lhe uma palavra e ela, sem compreender, sai desesperada.

Papagueno encontra finalmente sua Papaguena, esquece as provas e sai feliz com ela. Os meninos da floresta encontram. Pamina chorando a indiferença de seu amado e contam tudo a ela. Pamina corre ao encontro de Tamino e, juntos, enfrentam as duas últimas provas: vencer o fogo e a água. Vitoriosos, voltam ao Templo e Zarastro celebra o casamento.